国家人类基因组北方研究中心联合北京大学人类疾病基因研究中心,凭借自身以及合作单位雄厚的科研实力,优越的科研条件和一支高素质的科研队伍,开展了人类疾病基因组学、功能基因组学、蛋白质组学的研究,取得了一系列成果。
    在 "十五"计划期间,该中心的功能基因Ⅲ课题组承担了国家重大专项"功能基因组与生物芯片"课题"人类重要生理活性及具有药物开发前景的功能基因研究",以及北京市"人类重要功能基因编码蛋白质研究及重大疾病遗传资源的收集"重大项目,建立了包括生物信息学分析、规模化人类基因克隆及亚克隆化、细胞通路筛选、基因及药物功能筛选与验证、数据分析为一体的多方位、多层次、高通量、高内涵的功能研究平台,为完成国家和北京市课题任务提供了重要基础。
     在"十一五"规划期间,为进一步发挥自身优势,加强中心与国内外的科研机构或企业合作与交流,提高国内的功能基因研究水平和工作效率,功能基因Ⅲ课题组计划向全国开放功能基因研究的部分技术平台和大型仪器,对外开展有偿技术服务工作,第一阶段承接的技术服务项目和仪器包括:

一、 腺病毒技术服务
     本系统是以Ad5血清型E1/E3缺陷型腺病毒DNA为骨架,在克隆、包装、扩增等各部条件做了改进和优化,达到了克隆阳性率更高、质量更可靠、包装稳定、出毒迅速、滴度高等效果。在此基础上,还拓展了更广泛的应用,可以提供各种带报告基因的,带不同标签的腺病毒构建和包装服务。所包装的腺病毒已成功应用于信号转导,基因转位,细胞内免疫共沉淀(Co-IP),动物实验,干细胞研究等科研实验。并且可以完成较高难度的克隆构建,包括具有细胞毒性作用基因的腺病毒构建,在短时间内完成从原始质粒到病毒DNA的构建工作。

二、 基因克隆
     本课题组目前具有近两万个人类基因的全长cDNA克隆可向国内科研单位提供服务,酌情收取一定的成本和人工费用。同时,本课题组提供基因亚克隆技术服务,根据需要可将基因的编码区或目的片段重组到不同的表达载体,如pcDNA3.1、GST及pET等,以及构建各种不同的标签蛋白,如EGFP、DsRed及YFP等。本中心具有丰富的不同组织和细胞株(系)来源的cDNA模板,对于本中心尚不具有的基因,可为顾客提供基因克隆工作。同时,顾客可以以手头特有的基因实物来换取所需要的基因实物。

三、 生物信息学分析
     本课题组提供的生物信息学技术服务,为客户提供基因或批量科研数据分析工作,给出一份全面的生物信息学分析报告。基因的系统分析包括核酸水平的分析工作如cDNA全长性判断(半自动)、ORF预测、酶切位点分析、同源序列搜索、染色体定位、基因结构分析、可变剪接体分析(半自动)、启动子预测、启动子区转录因子结合位点预测、基因内保守性非编码区寻找、基因表达谱分析、基因相关SNP数据收集等,还包括蛋白水平的分析工作如基本的理化性质(等电点、分子量)、模体/结构域预测、细胞定位预测(半自动)、同源蛋白搜索、相互作用蛋白搜索(基于已知相互作用数据库或高通量蛋白质相互作用实验结果、文献检索)等。本课题组还可以根据客户的需要,针对客户的设计目的实现高通量的数据处理或分析工作,例如从整套基因组上寻找符合客户需要的基因等。

    

四、 细胞水平的信号转导通路筛选
     本课题组以一系列的荧光素酶报告基因、荧光蛋白(GFP、dsRED等)、荧光染料以及荧光探针等为基础建立了几十种高通量的细胞水平的基因功能筛选平台,可为国内外科研单位提供技术服务。目前,基于真核细胞的萤光素酶的顺式报告基因体系:NFκB、NFAT、AP-1、STAT1、ISRE、CRE、P53、TARE、STAT3、SRE、SRF、HIF、ERE、PPAR等;反式报告基因体系:c-JUN、c-fos、CREB、ELK1、CHOP;GFP荧光报告基因体系:NFκB-GFP、CRE-GFP等;转位的筛选体系:LC3、CCR4、VIVIT等;荧光染料(探针)有DAPI,HOCHEST,CFSE,Calcein-AM,EthD-1等,可用于细胞增殖、分化、凋亡或蛋白定位等研究。

五、 蛋白表达的检测
     本课题组可为客户提供组织、细胞、血液等样本的蛋白检测工作,以SDS-PAGE、Western blot(酶标记二抗以及荧光素标记二抗)、细胞内免疫荧光、流式细胞仪免疫荧光检测等手段为客户提供不同的检测要求。目前本课题组具有细胞凋亡、信号转导等基础研究的近三十余种一抗可供选择。

六、 免疫共沉淀技术
     本课题组提供免疫共沉淀技术服务,为客户提供蛋白相互作用的细胞内验证。客户可提供相互作用蛋白对应的基因实物(也可由本课题组代为克隆)。主要以HEK 293T为基础,采用共转染的方式,研究过表达时蛋白相互作用的验证工作。

七、 EMSA (电泳迁移率实验)
     凝胶迁移或电泳迁移率实验(EMSA)是一种研究DNA结合蛋白和其相关的DNA结合序列相互作用的技术,可用于定性和定量分析。本课题组通过EMSA技术服务,为客户提供细胞在应急条件或基因过表达条件下特定的DNA结合蛋白与其结合的DNA结合序列之间的相互作用的检测。本课题组具有一系列的特定蛋白结合的DNA探针,可为客户提供AP1,CRE,NFκB,ERE等细胞信号通路的检测。

八、 酶标仪
     本室目前有两种型号酶标仪:Bio-Rad550型酶标仪,GENios多功能酶标仪。
GENios多功能酶标仪:同时兼备紫外及可见光吸收、荧光、生物及化学发光检测功能;能处理从6孔至384孔不同格式微孔板的检测;有顶部与底部(主要用于基于细胞的各种分析)荧光阅读两种阅读能力;并具备每孔多点读值的酶学动力学分析功能;并可每孔同时进行多种荧光的检测。同时该仪器配有自动加液功能、温度控制功能及多种模式的微孔板振动功能。可实现高通量及自动化。该仪器灵敏度高,准确性好:可测量低至3pg荧光素/每孔。
实验应用范围:萤光素酶报告基因的检测、荧光的检测;细胞毒性检验、细胞生长增殖研究、酶活的检测。
Bio-rad550型酶标仪:是一台具有8道垂直光路的光度计,用以对96孔微孔板进行光吸收值得检测。即可进行单波长,又可进行双波长的检测。为本室常用的小型仪器,操作简便。
实验应用范围:蛋白定量、细胞生长增殖研究、ELISA检测等
用户自备检测样品及相关耗材,本课题组也可有偿提供相关耗材及试剂。

九、FACSCalibur流式细胞仪
     双激光(488nm、635nm)立体激发系统,可进行四荧光六参数分析。该仪器最快分析速度为每秒钟10000个细胞。自动化软件获取和强大的软件分析功能,可保证实验的准确性。DDM(Double Discrimination Module)双联体辨别模式,可区别实体组织样本中的双联体细胞群体,大大降低假阳性发生几率,真实呈现单一细胞的DNA分析结果。
目前可对外开展的研究包括:1、细胞生物学,如细胞凋亡、细胞周期分析、细胞内钙离子浓度测定等;2、肿瘤学:如肿瘤诊断等;3、免疫学:如淋巴细胞免疫分型等。
用户可自带细胞样品来本中心检测,试剂自备。本课题组可有偿提供相关耗材及试剂,也可以提供从前期细胞实验到最后检测的一体服务。

十、ECM830细胞电穿孔、融合、活体导入仪
     可以满足所有体外和体内电穿孔研究的需要,并可对预处理的动、植物细胞进行融合。该型号具有精细的电压调节,可监控所有参数,可调整脉冲间隙,且配合BTX提供的专用附件,可以轻松进行诸如活体转基因和导入蛋白,多肽及其他药物的研究和治疗。电穿孔可用于对传统转染方法不灵的细胞的转染,其效率高,可处理大量样本。同时还配有96孔板里使用的电极,可实现高通量的筛选。
实验应用范围:动物细胞的转染,植物细胞的转化,动、植物细胞电融合等

十一、BECKMAN Biomek FX 自动化移液工作站服务
     本课题组购置安装了目前国内功能最强大的Biomek FX工作站。该工作站整合了Cytomat 2系统,可以实现多孔板的自动控温孵育、培养、储藏;该工作站还整合了DTX 880多功能酶标仪,可完成各种高通量移液操作和检测操作,如高通量的质粒提取、各种样品高通量的光吸收、化学发光和荧光检测等。

十二、整体课题承接服务
     本课题组借助自身的资源优势,可根据客户的实验设计(也可代为客户设计),提供整体课题承接服务,例如从基因的克隆、功能筛选及其功能验证、蛋白表达检测、相互作用研究及表达谱分析等。

    以上服务均以委托的形式进行,本课题组承诺对客户负责,严谨求实,以科学的态度对待实验的每一个环节,保障数据的真实可靠,并对客户的数据结果保密,让客户满意。

 

国家人类基因组北方研究中心
功能基因Ⅲ课题组
联系人:李娜
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2007年1月8日