Jemboss是一个新的、开放的序列分析软件包.

一、EMBOSS和JEMBOSS

　　在介绍JEMBOSS之前，先介绍一下EMBOSS（European Molecular Biology Open Software Suite）。因为我们在使用JEMBOSS的时候，实际上是在访问JEMBOSS。EMBOSS运行在UNIX系统中，用命令行的方式来使用，一般人不能通过万维网进行访问和使用。而JEMBOSS是英国HGMP开发和支持的一个EMBOSS的图形接口，它使我们可以很方便的从万维网上通过它访问EMBOSS。

二、EMBOSS的功能和特点

　　EMBOSS包括了大量蛋白质和核酸的分析工具，包括翻译、蛋白质结构域搜索、获取序列、比对、引物设计、限制性酶切谱分析等多种功能的。EMBOSS具有如下特点：它是高质量、免费的开放软件包；它为分子生物学研究人员而开发；包含100多个序列分析的软件，可以进行全面、综合的序列分析；整合了一些公共数据库；并且支持所有的UNIX操作系统。

三、JEMBOSS简介

1、JEMBOSS的使用

　　在使用JEMBOSS之前，需要先下载并安装Sun web start，然后点击Launch Jemboss 即可使用。
2、JEMBOSS命令简介

最为重要的命令
Wossname
根据关键字查找程序
showdb
显示所整合的数据库

序列编辑
Revseq
将序列反转并互补
seqret
序列格式转换

两个序列相似性的图形表达
Dottup　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　精确匹配　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　dotmatcher　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　近似匹配

双序列比对　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　Needle　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　全局比对
water
局部比对

多序列比对
Emma、Jalview
EMMA＝Clustal W
Jalview
多序列编辑

寻找SNP
Diffseq
仅限于双序列

翻译
Plotorf、getorf

等电点预测　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　Iep

蛋白质性质　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　pepinfo

跨膜区预测　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　tmap

Motif搜索
Patmatmotifs